Серийно выпускался заводом с 1957 по 1962 годы. Первый самолет поднят на заводе в мае 1957 года. Выпускался в модификациях Т-3(Су-9), Т-3-51(Су-9), Т-3-8М (Су-9), СУ-9, Су-9-61.
Самолет представлял собой среднеплан с треугольным крылом, фюзеляжем, по форме близким к телу вращения, стреловидным оперением, управляемым стабилизатором и трехколесным убираемым шасси. В НЧФ располагался нерегулируемый сверхзвуковой воздухозаборник и обтекатели антенн БРЛС. Силовая установка, включавшая в себя турбореактивный двигатель АЛ-7Ф разработки КБ А.М.Люльки, позволяла самолету развивать скорость до 2100 км/ч. Вооружение перехватчика состояло из двух УР класса <воздух-воздух>.
В процессе доводки на самолете был установлен осесимметричный сверхзвуковой воздухозаборник с подвижным центральным телом, в котором разместилась антенна новой БРЛС - ЦД-30Т. Во избежание помпажа воздухозаборника в передней части фюзеляжа были вмонтированы четыре противопомпажные створки. Машину оснастили двигателем АЛ-7Ф-1 с тягой на форсажном режиме 9600 кгс. Изменилась часть оборудования, а в состав вооружения вошли четыре УР РС-2УС класса <воздух-воздух>. Самолету присвоили индекс Т-43. 10 сентября 1957 года летчик-испытатель В.С.Ильюшин поднял в воздух первый серийный образец этой машины, получившей войсковое обозначение Су-9. На вооружение истребительной авиации ПВО Су-9 поступил в составе комплекса перехвата воздушных целей Су-9-51.
Высокие летные характеристики специально подготовленного Т-43-1 позволили В.С.Ильюшину и А.А.Кознову установить на нем ряд мировых рекордов: рекорд абсолютной высоты - 28852 м (14 июля 1959 г.), рекорд скорости по замкнутому маршруту 500 км - 2337 км/ч и рекорд высоты в горизонтальном полете - 21170 м (сентябрь 1962 г.) и другие.

Кодовое обозначение НАТО - Fishpot-B (Верша).

Летно-технические характеристики: